2) Una de las principales ahonda sobre su desempeño en la llamada causa “Tandanor”, por la indebida extensión del plazo para la elevación a juicio del expediente. Todos los acusado por defraudación al Estado en la venta del principal astillero público, fueron sobreseídos.
3) La causa “Yoma”, en la que se investigaba a la curtiembre de esa familia por defraudar a la administración pública a través del acceso a un régimen de promoción industrial que luego utilizaban como garantías de préstamos. Demora injustificada en el desarrollo de la etapa de instrucción, que permitió la prescripción de la acción penal.
4) Otra de las causas en la que fue denunciado por mal desempeño de sus funciones, se refiere al juicio por el contagio masivo de más de mil doscientos pacientes hemofílicos con los virus de HIV, Hepatitis B y Hepatitis C, ocurrido en 1984. Demoró injustificadamente la citación a indagatoria de los imputados, las cuales fueron tomadas recién tres años después de iniciada la causa, mientras que otros imputados no fueron nunca indagados, pese a que se lo ordenó la Cámara.
5) Una cuarta demanda fue presentada por Diego Lorenzo Sanoguera, quien denuncia que en el juzgado a cargo de Bonadio recibió malos tratos cuando en reiteradas oportunidades se presentó en la oficina judicial para solicitar un certificado de sobreseimiento.
6) Otro expediente vinculado a los malos tratos recibidos por la abogada Gloria Altamirano, quien denunció al juez por “violaciones graves a sus deberes” cuando el magistrado le impidió tomar vista de las actuaciones en reiteradas oportunidades, en paralelo al trato “cruel, inhumanos y degradante” aplicado por el magistrado de quien incluso debió soportar comentarios despreciativos de distinta índole.
7) También tuvo una actuación mediática durante el proceso judicial que investigó el accidente ocurrido en la estación de Once el 22 de febrero de 2012, de donde se desprenden tres denuncias en su contra.
8) El noveno expediente fue abierto a raíz de la presentación del Dr. Alejandro L. Rua por mal desempeño en sus funciones contra Bonadío por entender que cometió severas irregularidades al iniciar una campaña de hostigamiento e intimidación destinada a limitar el ejercicio de la legitima defensa de sus asistidos que afectaron los derechos de defensa de sus asistidos, situación que cesó solamente cuando la Cámara lo apartó de la causa.
9) Ninguna de estas causas fue iniciada desde el gobierno nacional ni por sectores afines.
